Landgoed Loenen heeft een bewogen geschiedenis achter de rug. Vanaf de 14e eeuw hebben diverse eigenaren al dan niet met hun eigen familie het landgoed bewoond. Na meerdere verwoestingen in verschillende oorlogen en kruiend ijs op de Waal is vanaf 1825 het huidige landgoed Loenen ontstaan.
De geschreven geschiedenis begint pas in 1365, toen Johan van Bloemendaal de Heerlijkheden Loenen en Wolferen aan Otto van Bylandt verkocht. Hoewel Loenen bekend stond als het sterkste slot van de Betuwe, werd deze Heerlijkheid in 1585 tijdens de Tachtigjarige Oorlog door de Spanjaarden verwoest.
Van Boetzelaer is een oudadellijk geslacht dat oorspronkelijk afkomstig is uit Kleef (Duitsland). Door vererving via de familie Van Leyenburg, kwam de Heerlijkheid met het huis in handen van de familie Van Boetzelaer. In 1927 werd het goed geërfd door A.M.A. Baron Van Boetzelaer van Wolferen en Loenen. Hij woonde in De Bilt en had zijn fruitbedrijf op het landgoed Loenen. De leiding van het bedrijf werd vanaf 1950 overgenomen door zijn zoon Constant, die zowel aan het fruitbedrijf als aan het hele landgoed zijn hart had verpand. Sinds 1976 woonden de Van Boetzelaers op het landgoed. Koetshuis, orangerie en tuinprieel werden gerestaureerd. De fruitteelt werd in de loop van de tijd omgezet in akkerbouw.
De familie Van Boetzelaer hield het huis in haar bezit tot het begin van deze eeuw. In 2003 werd het huis Loenen verkocht.
